Fordøjelsen af kulhydrater begynder i mundhulen og fortsætter i tarmen, hvor de forskellige næringsstoffer optages. Formålet med denne proces er hydrolyse af disacchariderne, oligosacchariderne og polysacchariderne til de enkelte monosaccharider, der udgør dem, for at gøre dem absorberes af tarmslimhinden. For det, der er sagt, kræver det sukker, der indføres i kosten, såsom glucose og fructose, ingen fordøjelsesproces og absorberes som sådan. Glukose absorberes især ved aktiv transport, mens fructose krydser tarmslimhinden ved lettere diffusion; det følger, at levulosen absorberes langsommere, og dette bidrager til at sænke det glykæmiske indeks.
Stivelse udgør den overvejende del af komplekse kulhydrater taget i en afbalanceret kost; den består af mange glukosenheder, der er forbundet lineært (amylose) og forgrenet (amylopectin) og introduceres hovedsageligt gennem kartofler, bælgfrugter, korn og derivater, såsom pasta og brød. Dens fordøjelse begynder i munden, hvor den angribes af spyt-a-amylaser, som frigiver maltose og isomaltose (disaccharider dannet ved sammenslutning af to glukosenheder, henholdsvis forbundet med α-1,4 og α-1,6 bindinger), maltotriose (denne gang er der tre glukosemolekyler) og dextriner (7-9 enheder glucose, med tilstedeværelse af en gren). mundhule.
Aktiviteten af spyt-α-amylaser stopper i maven på grund af surheden, der kendetegner mave-miljøet. Fordøjelsen af kulhydrater genoptages og afsluttes i tyndtarmen, takket være den kombinerede virkning af bugspytkirtel- og tarmsaft. Først er der et a-amylaseenzym svarende til spyt, som som sådan omdanner stivelse til maltose og dextriner. Disse kan ikke hydrolyseres af bugspytkirtelamylaser og undergår virkningen af særlige deramificerende enzymer (α-1,6 glycosidase, α-dextrinase eller isomaltase), der er til stede i tyndtarmens epitelceller. På dette niveau finder vi yderligere enzymer involveret i fordøjelsen af disaccharider; sucrase fører f.eks. til dannelse af glucose og fructose, der starter fra et saccharosemolekyle og sørger for hydrolyse af maltose og maltotriose i synergi med enzymet maltase; Endelig fordøjer lactase mælkesukker ved at nedbryde det til glukose og galactose (manglen på dette enzym, meget almindeligt i voksenalderen, især i sorte populationer, er ansvarlig for laktoseintolerance).
Når fordøjelsen af kulhydrater til de enkelte monosaccharider, der udgør dem, er fuldført, er sukkerne klar til at blive absorberet. Som forventet kan denne absorption ske ved lettere diffusion (fructose) eller ved aktiv transport (glucose, galactose).
Ikke alle kulhydrater, der indføres i kosten, er fordøjelige, og selv stivelsen selv, især hvis den er rå, kan være svær at fordøje. Nogle grøntsager, såsom bælgfrugter, indeholder for eksempel ufordøjelige oligosaccharider (raffinose, verbascose og stachyose). Det samme gælder kostfibre, herunder cellulose. Fordøjelsen af disse kulhydrater er i stedet mulig for andre dyr, såsom drøvtyggere, og for bakterierne i vores tyktarm. Disse mikroorganismer gærer de kostfiberproducerende fedtsyrer med en afførende, trofisk virkning for tyktarmslimhinden og værdifuld for den generelle sundhed for hele organismen.