Lugt fra fæces er hovedsageligt forbundet med forrådnende processer, der påvirker aminosyrerne, der slipper ud af tarmabsorbering. Disse næringsstoffer opfanges faktisk af tyktarmsbakterierne og undergår en decarboxyleringsproces, der producerer følgende toksiske aminer:
arginin → agmatin
cystin og cystein → mercaptan
histidin → histamin
lysin → cadaverin
ornithine → putrescine
tyrosin → tiratina
tryptophan → indol og skatole
Mange af disse stoffer giver afføringen en særlig ubehagelig lugt. Afføringen bliver temmelig ildelugtende, selvom de forbliver i tarmen i lang tid, såvel som i de førnævnte tilfælde af malabsorption (cøliaki, bugspytkirtelinsufficiens, tarminfektioner, Crohns sygdom, ulcerøs colitis, tarmsyndrom, cystisk fibrose, lever sygdom og galdeveje og mavesygdomme ledsaget af hypochlorhydria). Når malabsorptionen hovedsageligt er protein, er lugten af fæces kvalmende, mens den bliver sur og gennemtrængende, når store mængder uabsorberede eller dårligt fordøjede sukkerarter og stivelser ankommer til tyktarmen, derefter gæret af den lokale flora med produktion af flygtige fedtsyrer .
Vegetarens diarré og afføring lugter dårligt.
Afføring med lugt af fisk eller sæd er karakteristisk for bacillardysenteri, kolera og mere generelt for slimhinde.
Sammenfattende påvirkes lugten af afføring derfor af spisevaner (mængde protein, aromatiske fødevarer som hvidløg eller løg osv.), Af tarmbakterieflora, af sundhedstilstanden og af særlige vaner (såsom rygning eller tygning Generelt hjælper forbruget af små og velafbalancerede måltider uden at forbinde store mængder "uforenelige" fødevarer (se dissocieret kost) med at optimere fordøjelsesprocesserne, reducere forekomsten af lidelser som meteorisme og flatulens og give afføring en sui generis lugt.
Ethvert tilfælde, hvor afføringens dårlige lugt ledsages af symptomer som sort, tjæret eller lys afføring, tilstedeværelse af blod i samme, feber, kulderystelser, alvorlige mavekramper, rigelig tilstedeværelse af slim i afføringen og vægttab.
