Patogenese undersøger udviklingen af en sygdom og kæden af hændelser forbundet med den, som trin for trin bestemmer morfofunktionelle ændringer af celler og væv, der tilhører de berørte organer. Disse ændringer kan skyldes kemiske, fysiske eller biologiske midler (vira, bakterier osv.).
Mens ætiologi definerer årsagerne, studerer patogenese konsekvenserne.
Ved læsning af medicinske tekster kan vi derfor støde på termer som: mikrobiel patogenese, inflammatorisk patogenese, viral patogenese, malign patogenese (tendens til en sygdom, normalt tumor, til gradvist at forværres, indtil den bliver potentielt dødelig). Mange sygdomme genkender forskellige årsagsfaktorer (multifaktoriel ætiologi) og endnu flere er dem, der er kendetegnet ved forskellige evolutionære mekanismer (multipel patogenese).
